Le concile de Trente (1545-1563) marque un tournant dans l'histoire du catholicisme par les réformes qu'il adopte en matière de dogme et de discipline.
 
 

Le concile permet à l'Église de clarifier ses positions sur les plans du dogme et de la discipline :

• la foi a deux sources : la Bible et la tradition,
• le salut de l'homme dépend de Dieu mais aussi de la collaboration du croyant,
• il y a toujours sept sacrements,
• la présence réelle et substantielle du Christ est dans le pain et le vin de la communion,
• le canon des Écritures, c'est-à-dire la liste des livres de la Bible reconnus comme inspirés par Dieu, est fixé,
• les indulgences sont maintenues, mais on ne doit plus en faire commerce,
• des règles sont établies en matière de discipline ecclésiastique,
• l'inquisition est maintenue,
• l'affirmation du purgatoire et la nécessité des prières pour les défunts sont maintenues,
• la légitimité du culte des saints est affirmée.

Dans toute l'Europe les ordres religieux propagent la Contre-Réforme, en particulier l'ordre des Jésuites, fondé en 1540, qui ouvre des universités et des collèges. Le catholicisme a ainsi les moyens d'arrêter l'expansion du protestantisme et de le refouler partiellement de l'Empire germanique.